DNAシーケンス解析｜秋田県立大学生物資源科学部附属バイオテクノロジーセンター

DNAシーケンス解析

当センターが開発した「データ管理システム」(下図)は、全国の受託解析を希望するユーザーが、インターネットを介して自分のコンピュータ端末からセンターのサーバにアクセスして、解析を委託するとともに結果を生データで入手し、即データ解析ができる仕組みです。なお、データの機密保持の観点から、ユーザーは登録時に取得するIDとパスワードを使用してアクセスすることとなっており、利便性とセキュリティーを備えたものとして評価されています。

データ管理システムの特長

ユーザーからDNA塩基配列決定などの委託を受け、分析を行い、委託先にデータ結果を送付する情報システムです。
受理したサンプルはバーコードおよびデータベースにより管理し、ユーザーは分析の進捗状況を知るこができます。
DNA塩基配列データは、DNAシーケンサーから自動的に収集保管され、相同性検索処理の解析を行うことができます。
ユーザーは、インターネットを介して大量のデータを高速で相同性検索にかけることができます。

DNA塩基配列の受託解析のご利用について

当センターにおけるDNAの塩基配列の解析は、DNAポリメラーゼの特性を利用した「ジデオキシ法」を用いており、その原理は下図の通りです。
当センターでは、4種類のサンプル(1.大腸菌、2.未精製PCR産物、3.精製済みDNA[例:プラスミド、PCR産物]、4.シーケンス反応済みサンプル)を受け付けており、少数(1サンプル)でも大量解析(1000サンプル以上)でも可能です。また、蓄積されたノウハウで様々な難読テンプレート(例えば、Gateway system (Invitrogen社)のベクター、GCリッチ、PCR産物、Fosmid/Bacクローン)にも対応できます。
サンプル到着後、約1〜3日でデータを返送いたします。また、独自に考案したデータ品質を示す数値(QV)を算出しております。

インターネットで解析の申し込みとデータの閲覧ができます！【特許出願中】

■ 低予算でも大丈夫！高品質な結果が得られます！

●解析費用が安い

データ品質が悪かった場合(QV＜０の場合)、再解析のご希望を選択できます。
以下に解析経費の計算方法について例を示します。

【基本解析コース】
精製DNA (プラスミドDNA、精製済みPCR産物など)
その他のサンプル ▶︎⑴ 大腸菌から　⑵ 未精製PCR産物から　⑶ シークエンス反応済みから

例）解析経費の計算方法

再解析の希望	初回解析の成績	再解析の成績	解析経費
無し	QV ≧ ０⊕	−	解析料金×1
無し	QV < ０⊖	−	解析料金×0.5
有り	QV ≧ ０⊕	−	解析料金×1
	QV < ０⊖	QV ≧ ０⊕	解析料金×1.5 (初回分解析料金×0.5＋再解析分解析料金×1)
	QV < ０⊖	QV < ０⊖	解析料金×1.5 (初回分解析料金×0.5＋再解析分解析料金×1)

●独自の評価基準で、迅速で正確なデータの返却

バイオテクノロジーセンターでは、各シークエンス解析結果の品質を示す値としてQVを採用し、QVの段階に応じたデータの信頼性を評価して、結果をユーザーにお知らせします。QVは、データ品質の確認を容易にし、迅速で正確なデータの返却を可能にしています。

【主要設備・機器】 機材画像