研究業績

2024年

掲載論文

1. N. V. Tran, M. P. Montanari, J. Gui, D. Lubenets, L. L. Fischbach, H. Antson, Y. Huang, E. Brutus, Y. Okada, Y. Ishimoto, T. Tonissoo, O. Shimmi, Programmed disassembly of a microtubule-based membrane protrusion network coordinates 3D epithelial morphogenesis in Drosophila, The EMBO Journal, 1-27, 2024.

2023年

掲載論文

1. Zichen Kang, Hikari Matsumoto, Tomonobu Nonoyama, Sakumi Nakagawa, Yukitaka Ishimoto, Satoru Tsugawa and Minako Ueda, Coordinate Normalization of Live-Cell Imaging Data Reveals Growth Dynamics of the Arabidopsis Zygote, Plant Cell Physiol., 64(11), 1279-1288, 2023.
2. Satoru Tsugawa, Yuzuki Miyake, Keishi Okamoto, Masatsugu Toyota, Hiroki Yagi, Miyo Terao Morita, Ikuko Hara-Nishimura, Taku Demura, Haruko Ueda, Shoot gravitropism and organ straightening cooperate to arrive at a mechanically favorable shape in Arabidopsis. Sci. Rep., 13, 11165, 2023.
3. Satoru Tsugawa, Hiroyuki Shima, Yukitaka Ishimoto, Kazuya Ishikawa, Thickness-stiffness trade-off improves lodging resistance in rice, Sci. Rep., 13, 10828, 2023.
4. Haruka Tomobe, Satoru Tsugawa, Yuki Yoshida, Tetsuya Arita, Allen Yi-Lun Tsai, Minoru Kubo, Taku Demura, Shinichiro Sawa, Shinichiro Sawa, A mechanical theory of competition between plant root growth and soil pressure reveals a potential mechanism of root penetration, 13, 7473, 2023.
5. Masahiro Takahara, Satoru Tsugawa, Shingo Sakamoto, Taku Demura, Miyuki T Nakata, Pulvinar Slits: Cellulose-deficient and De-Methyl-Esterified Pectin-rich Structures in an Legume Motor Cell. Plant Physiol., kiad105, 2023.
6. Tohya Kanahama, Satoru Tsugawa, Motohiro Sato, Rigidity Control Mechanism by Turgor Pressure in Plants. Sci. Rep. 13: 2063, 2023.

国際会議発表

1. Hikari Matsumoto, Zichen Kang, Tomonobu Nonoyama, Yukitaka Ishimoto, Satoru Tsugawa, Sakumi Nakagawa, Yusuke Kimata, Takumi Higaki, Live-cell imaging of the body axis formation during Arabidopsis embryogenesis, Taiwan-Japan Plant Biology 2023 (TJPB2023), Oct 13th-16th, 2023.
2. Y. Ishimoto, Y. Takahashi, "An Improved Brownian Dynamics Simulation by a Solution with Collision and Inextensible Bond for Dense Nucleosome dynamics", the 33rd International Symposium on Transport Phenomena (ISTP33), Kumamoto, Japan, Sep 24th-27th, 2023.
3. Y. Ishimoto, Y. Takahashi, Brownian dynamics simulation of polymer chain with collision and inextensible semiflexible bond for dense chromatin dynamics, International Soft Matter Conference 2023 (ISMC2023), Osaka International Convention Center, Japan, 4 - 8 Sept., 2023.
4. Yukitaka Ishimoto, Yuki Takahashi, Brownian Dynamics Simulation for Chromatin in Human and Mammalian Cells, International Conference on Biological Physics (ICBP), Aug 17th, 2023.
5. Rui Kaneda, Satoru Tsugawa, Yukitaka Ishimoto, Image Analysis of Hydroponic Plant Root System and 3D Morphological Reconstruction Method, International Conference on Biological Physics (ICBP), poster session, Aug 17th, 2023.

国内会議発表

1. 山本夏生,トンボの翅脈特性を模倣した人工翅の作製, ソフトバイオ研究会(角館公民館), 2023年11月2日.
2. 松嶋真生,流体の動的分水嶺を表すラグランジュ協同構造解析の実データへの応用, ソフトバイオ研究会(角館公民館), 2023年11月2日.
3. 工藤悠世,DNA-染色体に関するメゾスケールシミュレーションプラットフォームの開発, ソフトバイオ研究会(角館公民館), 2023年11月2日.
4. 津川暁,数理力学モデルを基盤とした植物科学とその融合研究, ソフトバイオ研究会(角館公民館), 2023年11月2日.
5. 金田琉偉,水耕植物根系の画像解析および3次元形態再構築法による定量化の研究, ソフトバイオ研究会(角館公民館), 2023年11月2日.
6. 野々山朋信,植物受精卵細胞における微小管動態のシミュレーション, ソフトバイオ研究会(角館公民館), 2023年11月1日.
7. 康子辰,形態空間解析による植物細胞のかたちづくりの研究, ソフトバイオ研究会(角館公民館), 2023年11月1日.
8. 石本志高,Biomechanical excursion on soft/bio materials 2023, ソフトバイオ研究会(角館公民館), 2023年11月1日.
9. 金田琉偉,水耕植物根系の画像解析および3次元形態再構築法による定量化の研究, 「理論と実験」2023（広島大学）, 2023年10月6日.
10. 小池崇人,津川暁,石本志高,石川和也,イネの倒伏軽減に向けた草丈生育予測モデルの構築, 日本機械学会M&M2023材料力学カンファレンス(筑波大学), 2023年9月29日.
11. 津川暁,上村壮汰,浅川裕紀,須田啓,豊田正嗣,石本志高,膜力学モデルによるハエトリソウ閉合運動の力学的仕組みの解明, 日本機械学会M&M2023材料力学カンファレンス(筑波大学), 2023年9月29日.
12. 野々山朋信,康子辰,松本光梨,中川朔未,津川暁,植田美那子,石本志高,植物受精卵における微小管リング形成とそれによる細胞壁特性の変調, 日本機械学会M&M2023材料力学カンファレンス(筑波大学), 2023年9月28日.
13. 髙橋武彦,境英一,津川暁,高校生を対象とした3D-CAD教室「3Dデザインを学ぼう」の取り組み, 日本設計工学会（日本大学・郡山), 2023年9月22日,23日.
14. 津川暁,R-bodyのコイル-らせん転移における変形設計原理について, 第4会発動分子科学研究会（秋田市協働大町ビル), 2023年9月20日.
15. 野々山朋信,植物受精卵細胞における微小管リング形成のメカニズムを解明するシミュレーション, 細胞骨格研究会（名古屋大学), 2023年9月16日.
16. 小池崇人,力学モデルを基盤とした稲の倒伏軽減に向けた草丈予測モデルの構築, MIMS研究集会（明治大学), 2023年9月13日.
17. 上村壮汰,2方向動画撮影および3次元動態再構築によるハエトリソウ閉合運動の曲面弾性エネルギーの推定, MIMS研究集会（明治大学), 2023年9月13日.
18. 康子辰,植物先端成長細胞の形態空間解析, MIMS研究集会（明治大学), 2023年9月13日.
19. 野々山朋信,植物受精卵における微小管リング形成と制御メカニズムを解明する数値シミュレーション, MIMS研究集会（明治大学), 2023年9月13日.
20. 野々山朋信,植物受精卵における微小管リング形成と制御メカニズムを解明する数値シミュレーション, JST-CREST 多細胞 若手の会 2023 (基礎生物学研究所), 2023年9月9日.
21. 花木優河,松本光梨,中川朔未,檜垣匠,津川暁,石本志高,野々山朋信,康子辰,植田美那子,シロイヌナズナ初期胚の内外軸の形成過程における微小管動態の解析, 日本植物学会第87回大会（北海道大学), 2023年9月7日.
22. 池内亨,小嶋華,橋本研志,津川暁,康子辰,野々山朋信,石本志高,住野豊,朽津和幸,細胞質Ca2+濃度動態のマルチスケール解析から見えてきたゼニゴケ仮根の先端成長速度の制御, 日本植物学会第87回大会（北海道大学), 2023年9月7日.
23. 上田晴子,岡本さとこ,津川暁,三宅唯月,林杏樹,八木宏樹,豊倉浩一,西村いくこ,植物器官運動と姿勢復元力の解析, 日本植物学会第87回大会（北海道大学), 2023年9月7日.
24. 松本光梨,中川朔未,檜垣匠,津川暁,石本志高,野々山朋信,康子辰,植田美那子,ライブイメージング技術を駆使したシロイヌナズナ受精卵の極性伸長メカニズムの解明, 日本植物学会第87回大会（北海道大学), 2023年9月7日.
25. 小野華歌,野々山朋信,康子辰,石本志高,植田美那子,津川暁,檜垣匠,タバコBY-2細胞のM/G1境界期における表層微小管の再形成機構の解析, 日本遺伝学会第95回大会（くまもと県民交流館パレア), 2023年9月6日.
26. 康子辰,弾塑性変形モデルにおける形態-力学-変形の解析, 非平衡・多階層・複雑系研究会（早稲田大学), 2023年8月29日.
27. 野々山朋信,植物受精卵における微小管リング形成と制御メカニズムを解明する数値シミュレーション, 非平衡・多階層・複雑系研究会（早稲田大学), 2023年8月29日.
28. 津川暁,捕虫葉の力学：膜バーテックスモデルの理解と応用, 非平衡・多階層・複雑系研究会（早稲田大学), 2023年8月29日.
29. 石本志高,Biomechanics on shapes of DNA, cells, and organs, 非平衡・多階層・複雑系研究会（早稲田大学), 2023年8月28日.
30. 石本志高,鈴木華子,新見修, 上皮組織における細胞流れの可視化および力学量の推定, 第51回可視化情報シンポジウム（グランドパーク小樽), 2023年8月10日.
31. 金田琉偉, 津川暁,石本志高, 植物根系の画像解析及び3次元形態再構築法による定量化の研究, 第51回可視化情報シンポジウム（グランドパーク小樽), 2023年8月10日.
32. 石本志高, 駒形日向子,津川暁, トンボ翅の前方脈およびその後流渦構造への影響に関する生物学的および流体工学的研究, 日本機械学会第35回バイオエンジニアリング講演会（日立システムズホール仙台), 2023年6月4日.
33. 津川暁, 野々山朋信, 康子辰, 石本志高, 弘本悠紀子, 檜垣匠, 藤本仰一, 松本光梨, 植田美那子, Plant Cell Biomechanics Based on Multi-level Modeling, 日本機械学会第35回バイオエンジニアリング講演会（日立システムズホール仙台), 2023年6月4日.
34. 山本夏生, 津川暁, 石本志高, トンボの翅脈特性を模倣した人口翅の作製, 日本機械学会第35回バイオエンジニアリング講演会（日立システムズホール仙台), 2023年6月4日.
35. 金田琉偉, 津川暁, 石本志高, 水耕植物根系の画像解析及び3次元形態再構築法に関する研究, 日本機械学会第35回バイオエンジニアリング講演会（日立システムズホール仙台), 2023年6月4日.
36. 松嶋真生, 津川暁, 石本志高, 流体の動的分水嶺を表すラグランジュ協同構造解析の実データへの応用, 日本機械学会第35回バイオエンジニアリング講演会（日立システムズホール仙台), 2023年6月3日.
37. 津川暁, 植物の構造と機能に学ぶバイオミメティックス, 分子研研究会「生体分子材料を探る：発動分子のさらなる理解と設計に向けて」（分子研), 2023年3月29-30日.
38. 松嶋真生, 津川暁, 石本志高, レイリー・べナール対流におけるラグランジュ協同構造と輸送効率の関係に関する研究, 日本機械学会東北支部第58期総会・講演会（東北大学), 2023年3月17日.
39. 山本夏生, 津川暁, 石本志高, トンボの翅脈特性を模倣した人工翅の作製, 日本機械学会東北支部第58期総会・講演会（東北大学), 2023年3月17日.
40. 上村壮汰, 津川暁, 石本志高, 植物根部重力屈性の数値シミュレーションと動的効率に関する研究, 日本機械学会東北支部第58期総会・講演会（東北大学), 2023年3月17日.
41. 渡辺明, 西谷和彦, 武藤宝, 中楚洋介, 川口健一, 津川暁, 出村拓, 植物を対象としたレーザー描画に関する研究, レーザー学会学術講演会第43回年次大会(愛知県開催), 2022年1月18-20日.
42. 津川暁, 応力均一化を基盤とする樹木の成長応力解析, 日本材料学会木質材料部門委員会第311定例研究会（オンライン）, 2023年1月17日.

2022年

掲載論文

1. 細川 陽一郎, 津川 暁, 堀口 翔太, 張天昊, 川口 健一, シェル理論に基づく植物細胞の外力応答の解析：原子間力顕微鏡による計測データの解釈, 日本建築学会大会学術講演梗概集. 2022
2. 石川 和也, 津川 暁, 風に対するイネの防御応答について, 日本建築学会大会学術講演梗概集. 2022
3. 上田 晴子, 津川 暁,出村 拓, 重力に応答した植物の時空間的な姿勢変化と姿勢復元力の力学的意義の考察, 日本建築学会大会学術講演梗概集. 2022
4. 渡辺 明, 西谷 和彦, 武藤 宝, 中楚 洋介, 川口 健一, 津川 暁,出村 拓, 植物の動的挙動のワイヤレスセンシング, 日本建築学会大会学術講演梗概集. 2022
5. Yuki Yamasaki, Satoru Tsugawa, Kenshiro Ito, Kazunori Okano, Yoichiroh Hosokawa,Femtosecond laser perforation of plant cells for evaluation of cell stiffness. Appl. Phys. A. 128: 838, 2022.
6. Satoru Tsugawa, Yuki Yamasaki, Shota Horiguchi, Tianhao Zhang, Takara Muto, Yosuke Nakaso, Kenshiro Ito, Ryu Takebayashi, Kazunori Okano, Eri Akita, Ryohei Yasukuni, Taku Demura, Tetsuro Mimura, Ken'ichi Kawaguchi, Yoichiroh Hosokawa,Elastic shell theory for plant cell wall stiffness reveals contributions of cell wall elasticity and turgor pressure in AFM measurement. Sci. Rep., 12: 13044, 2022.
7. Satoru Tsugawa, Kaname Teratsuji, Fumio Okura, Koji Noshita, Masaki Tateno, Jingyao Zhang, Taku Demura, Exploring the Mechanical and Morphological Rationality of Tree Branch Structure Based on 3D Point Cloud Analysis and the Finite Element Method. Sci. Rep., 12: 4054, 2022.
8. 郷 達明, 藤原 基洋, 津川 暁, 藤本 仰一, 器官の形に種を超えた共通性をもたらす物理，生物物理, 62(1): 7-12, 2022.

国際会議発表

1. Masahiro Takahara, Satoru Tsugawa, Shingo Sakamoto, Taku Demura, Miyuki T Nakata, Pulvinar Slits: Cellulose-deficient and De-Methyl-Esterified Homogalacturonan-Rich Structures in a Legume Motor Cell, International symposium on "Plant-Structure-Optimization", Nov.19-20 2022
2. Akira Watanabe, Kazuhiko Nishitani, Takara Muto, Yosuke Nakaso, Kan'ichi Kawaguchi, Satoru Tsugawa, Taku Demura, Real-time Sensing of Mechanical Optimization in Plants, International symposium on "Plant-Structure-Optimization", Nov.19-20 2022
3. Yuki Yamasaki, Satoru Tsugawa, Takayuki Murakishi, Eri Akita, Kazunori Okano, Tetsuro Mimura, Ken'ichi Kawaguchi, Yoichiroh Hosokawa, Atomic Force Microscopy and Elastic Shell Theory Elucidates Elasticity and Turgor Pressure of Plant Cell, International symposium on "Plant-Structure-Optimization", Nov.19-20 2022
4. Yukitaka Ishimoto, Yuya Watanabe, Rena Koinuma, Hidemasa Takana (Tohoku U.), "Estimating rotational diffusion constant of cellulose nanofiber suspension by Brownian dynamics simulation", Nineteenth International Conference on Flow Dynamics (ICFD2022), Sendai, Japan, Nov 9-11, 2022.
5. Yuki Takahashi, Yukitaka Ishimoto, "An improved Brownian dynamics for chromatin in human cells", 8th Asian Pacific Congress on Computational Mechanics (WCCM8), Aug.1 2022
6. Hinako Komagata, Yukitaka Ishimoto, "Biological and engineering study on the vein structure and ambient flow of dragonfly wings", 18th European Mechanics Conference (EMMC18), Apr.5 2022
7. Yuki Takahashi, Yukitaka Ishimoto, "Chromatin dynamics in human cells by improved Brownian dynamics method", 18th European Mechanics Conference (EMMC18), Apr.4 2022

国内会議発表

1. 野々山朋信, 康子辰, 松本光梨, 植田美那子, 津川暁, 石本志高, 胚発生における微小管の動態のシミュレーション, 第十回定量生物学会年会(東広島市開催), 2022年12月15-16日, ポスター発表.
2. 渡邉 夢生, 津川 暁, 石本 志高, 小型遊泳機械の流体工学および生体工学的考察-一寸法師は川を上れるのか-, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16,17日.
3. Sota Uemura, Satoru Tsugawa, Yukitaka Ishimoto, 植物根部重力屈性の数値シミュレーションと曲率変化の動的効率に関する研究, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16,17日.
4. 金田 琉偉, 津川 暁, 石本 志高, 水耕植物根系の画像解析及び3次元形態再構築法に関する研究, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16,17日.
5. 松嶋 真生, 津川 暁, 石本 志高, レイリー・べナール対流におけるラグランジュ協同構造と輸送効率の関係に関する研究, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16,17日.
6. Kyohei Suzuki, Satoru Tsugawa, Yukitaka Ishimoto, フジツボ・キプリス幼生の個体遊泳運動および集団挙動の研究, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16,17日.
7. Yuki Takahashi, Yukitaka Ishimoto, Brownian dynamics simulation for chromatin in human cells, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16,17日.
8. 鯉沼 伶奈, 石本 志高, 高奈 秀匡, ブラウン動力学シミュレーションによるセルロースナノファイバー懸濁液の回転拡散係数の推定, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16,17日.
9. 山本 夏生, 津川 暁, 石本 志高, トンボの翅に学ぶバイオミメティクス材料の検討, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16,17日.
10. Hinako Komagata, Satoru Tsugawa, Yukitaka Ishimoto, Biological and engineering study on the vein structure and ambient flow of dragonfly wings, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16,17日.
11. 鈴木 華子, 柏 正幸, 津川 暁, 石本 志高, 上皮組織における細胞流れの力学量の可視化, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16,17日.
12. 津川 暁, 植物のカタチとチカラを解き明かす2022, ソフトバイオ研究会, 2022年11月18日.
13. 髙橋 勇毅, ヒト細胞染色体のためのブラウン動力学シミュレーションの研究, ソフトバイオ研究会, 2022年11月17日.
14. 康 子辰, 個体ベースモデルによる草と樹木の競争・共存に関する研究, ソフトバイオ研究会, 2022年11月17日.
15. 石本 志高, Biomechanical excursion on soft/bio materials 2022, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16日.
16. 野々山 朋信, 生物における骨組みの自己組織化と物理的相互作用の影響解明, ソフトバイオ研究会, 2022年11月16日.
17. 大谷美沙都, 神田哲大, 津川暁, 徳元拓哉, 中村守貴, 森田美代, 出村拓, 細胞壁特性が制御する植物の重力応答, 日本植物学会, 2022年9月18日.
18. 松本光梨, 中川朔未, 檜垣匠, 津川暁, 石本志高, 野々山朋信, 康子辰, 田中美虹, 植田美那子, ライブイメージング技術と顕微操作の統合により迫る細胞内ダイナミクス, 日本植物学会, 2022年9月17日.
19. 高原正裕, 津川暁, 坂本真吾, 出村拓, 中田美友希, マメ科植物の葉の運動細胞における特有の細胞壁構造「葉枕スリット」の発見, 日本植物学会, 2022年9月17日.
20. 中川朔未, 植田美那子, 松本光梨, 檜垣匠, 津川暁, 石本志高, 野々山朋信, 康子辰, ライブイメージングに基づいた数理モデル化で迫るシロイヌナズナ受精卵の細胞伸長機構, 日本植物学会, 2022年9月19日.
21. 津川暁, 入口大修, 金浜瞳也, 佐藤太裕, 三村徹郎, 細川陽一郎, シャジクモの力学と張力構造, 日本機械学会M&M2022材料力学カンファレンス，2022年9月.
22. 野々山朋信, 津川暁, 石本志高, 細胞成長における微小管の役割を解明するシミュレーション, 日本機械学会M&M2022材料力学カンファレンス，2022年9月.
23. 金田琉偉, 津川暁, 石本志高, 水耕植物根系の画像解析及び3次元形態再構築法に関する研究, 日本機械学会M&M2022材料力学カンファレンス，2022年9月.
24. 石本志高, Biomechanical excursion from cell shapes to dragonfly wings, 非平衡・多階層・複雑系研究会，2022年8月.
25. 津川暁, 捕虫葉の発生と力学, 非平衡・多階層・複雑系研究会，2022年8月.
26. 野々山朋信, 植物胚における植物骨格の自己組織化, 非平衡・多階層・複雑系研究会，2022年8月.
27. 康子辰, 膨圧による先端成長モデルに基づく形状解析, 非平衡・多階層・複雑系研究会，2022年8月.
28. 駒形日向子, 津川暁, 石本志高, Biological and engineering study on the vein structure and ambient flow of dragonfly wings, 非平衡・多階層・複雑系研究会，2022年8月.
29. 髙橋勇毅, 津川暁, 石本志高, An improved Brownian dynamics for chromatin in human cells, 非平衡・多階層・複雑系研究会，2022年8月.
30. 鈴木恭平, 津川暁, 石本志高, フジツボのキプリス幼生における集団挙動と周囲流れ, 非平衡・多階層・複雑系研究会，2022年8月.
31. 金田琉偉, 津川暁, 石本志高, 水耕植物根系の画像解析及び３次元形態再構築法に関する研究, 非平衡・多階層・複雑系研究会，2022年8月.
32. 村岸尚志, 伊藤賢四郎, 山崎勇輝, 岡野和宣, 津川暁, 出村拓, 三村徹郎, 細川陽一郎, 日本応用物理学会，2022年3月.
33. 須田啓, 浅川裕紀, 津川暁, 豊田正嗣, 日本植物生理学会年会，2022年3月.
34. 山崎勇輝, 伊藤賢四郎, 岡野和宣, 出村拓, 細川陽一郎, 津川暁, 日本電気学会，2022年3月.
35. 渡 邉 友哉、 石本 志高、 高奈 秀匡. ブラウン動力学シミュレーションによるセルロース ナノファイバー懸濁液の回転拡散係数の研究 日本機械学会東北支部 第52回学生員卒業研究発表講演会，2022年3月8日
36. 金田琉偉，石本志高，津川暁. レタス根部成長過程における環境ストレスの影響に関する定量解析 日本機械学会東北支部第57期総会・講演会，2021年3月11日

2021年

掲載論文

1. 津川 暁, 佐野 友彦, 島 弘幸, 森田（寺尾）美代, 出村 拓, シロイヌナズナ花茎重力屈性の数理モデル解析, plant morphology 33(1): 71-76, 2021
2. 友部 遼, 津川 暁, 吉田 祐樹, 出村 拓, 澤 進一郎, 根の貫入基準モデルと有限要素法による根構造の解析, 建築学会OS. 2021
3. 堀口 翔太, 川口 健一, 張 天昊, 中楚 洋介, 津川 暁, 細川 陽一郎, AFM(原子間力顕微鏡)で載荷された植物細胞の応答と有限要素法による数値計算, 建築学会OS. 2021
4. 渡辺 明, 西谷 和彦, 武藤 宝, 中楚 洋介, 川口 健一, 津川 暁, 出村 拓, 植物の重力屈性―光屈性サイクルにおける動的挙動, 建築学会OS. 2021
5. 津川 暁, 出村 拓, 物質構築―曲げ応力―形状エネルギーのトレードオフによる樹木の力学解析, 建築学会OS. 2021

国際会議発表

1. Masayuki Kashiwa, Takuya Toyoshima, Yukitaka Ishimoto, M. Kashiwa, "Modelling, quantification, and data assimilation of epithelial monolayer tissue", The 11th Asia-Pasific Conference on Biomechanics (AP Biomech 2021), 2-5 Dec 2021
2. Hinako Komagata1, Yukitaka Ishimoto1, "Biological and engineering study on the vein structure and ambient flow of dragonfly wings", The 11th Asia-Pasific Conference on Biomechanics (AP Biomech 2021), 2-5 Dec 2021
3. Yuki Takahashi, Yukitaka Ishimoto1, "Chromatin dynamics in human cells by improved Brownian dynamics method", The 11th Asia-Pasific Conference on Biomechanics (AP Biomech 2021), 2-5 Dec 2021
4. Yukitaka Ishimto, A01 Multiscale theory of Genome modality, ゲノムモダリティ領域会議, 2021.11.4-6
5. Y. Ishimoto, A. Oooka, H. Takana, "Simulation Study on Orientation Order Profile in Nanocellulose Mono-fiber Creation Using Flow Focusing", The nineteenth international conference on flow dynamics 2021 (ICFD2021), Sendai, Japan (2021年10月27-29日)
6. M. Kashiwa, T. Toyoshima, Y. Ishimoto (Poster), "Visualization and quantification of cell flow by bubbly cell tracking", 17th International Symposium on Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering and the 5th Conference on Imaging and Visualization (CMBBE 2021), Bonn (hybrid), Germany, 7-9 Sep. 2021
7. Yukitaka Ishimoto, "Monoaxial stretch of an edge-bound in-silico epithelial tissue by bubbly vertex model", 17th International Symposium on Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering and the 5th Conference on Imaging and Visualization (CMBBE 2021), Bonn (hybrid), Germany, 7-9 Sep. 2021
8. Yukitaka Ishimoto, Masayuki Kashiwa, "In-vivo cell flow visualisation using deep learning and other means", Virtual SMB 2021 Annual meeting, 13-17 Jun. 2021

国内会議発表

1. 津川 暁, 植物の「カタチ」と「チカラ」を解き明かす～植物力学研究に向けて～, ソフトバイオ研究会, 2021年11月
2. 石本志高，「Biomechanical excursion on soft/bio materials」，ソフトバイオ研究会2021，2021年11月16～18日
3. Masayuki Kashiwa, Takuya Toyoshima, Yukitaka Ishimoto, Visualization of cell flow by cell vertex and bubbly cell shape tracking, ソフトバイオ研究会2021,2021年11月16～18日
4. Hinako Komagata, Yukitaka Ishimoto, Satoru Tsugawa, Biological and engineering study on the vein structure and ambient flow of dragonfly wings, ソフトバイオ研究会2021, 2021年11月16～18日
5. 鈴木恭平、津川暁、石本志高, フジツボのキプリス幼生における集団挙動と周囲流れ Collective behavior and ambient flow in barnacle cypris larvae, ソフトバイオ研究会2021, 2021年11月16～18日
6. Yuki Takahashi, Yukitaka Ishimto，The chromatin dyanmics in human cell with improved Brownian dynamics，ソフトバイオ研究会2021，2021年11月16～18日
7. 渡邉 友哉、津川暁、石本志高, セルロースナノファイバー生成における配向秩序のシミュレーション研究について, ソフトバイオ研究会2021, 2021年11月16～18日
8. トンボのはばたき運動の3D再構築に向けて, 馬場 崇志、津川暁、石本志高, ソフトバイオ研究会2021, 2021年11月16～18日
9. 髙橋　勇毅, 石本　志高, 改良したブラウン動力学法によるクロマチン動態の研究（ブラウン動力学法における一般化された衝突処理の検討）, 日本機械学会第 99 期流体工学部門講演会, 2021.11.8-10
10. 津川 暁, 植物の「カタチ」と「チカラ」を解き明かす, MIMS研究集会, 明治大学, 2021年11月
11. 入口 大修, 岡野　和宣, 津川　暁, 出村　拓, 三村　徹郎, 細川　陽一郎, "シャジクモが有する巨大細胞のAFM弾性率測定による植物細胞の構造に由来する力学特性評価," 第82回応用物理学会　秋季学術講演会, オンライン, 2021年9月
12. 山崎　勇輝, 伊藤　賢四郎, 岡野　和宣, 津川　暁, 細川　陽一郎, "フェムト秒レーザー穿孔と原子間力顕微鏡法による植物細胞の力学状態評価," 第82回応用物理学会　秋季学術講演会, オンライン, 2021年9月
13. 津川 暁, 植物花茎屈曲の数理モデル解析, 日本物理学会2021年秋季大会, オンライン開催, 2021年9月
14. 津川 暁, 出村 拓, 物質構築-曲げ応力-形状エネルギーのトレードオフによる樹木の力学解析, 2021年度日本建築学会（東海）オーガナイズドセッション, オンライン開催, 2021年9月
15. 津川 暁, 植物重力屈性の力学モデル, 日本機械学会2021年度年次大会, オンライン開催, 2021年9月
16. 石本志高，豊嶋拓哉，「バブリーバーテックス模型によるインシリコ上皮組織のレオロジー特性」，機械学会年会，2021年9月5～8日
17. 石本志高，「単層上皮組織のモデリング・定量化およびデータ同化」，バイオエンジニアリング講演会，2021年6月25～26日
18. 津川 暁, 植物の屈曲中の力学を推定する, 新学術領域「植物構造オプト」植物の屈曲分科会, 2021年6月
19. 石本 志高. 深層学習等を用いた生体組織内細胞流れの可視化 日本物理学会第76回年次大会（オンライン)，2021年3月12-15日
20. 駒形 日向子, 石本 志高. トンボの翅構造と周囲流れに関する生物学的及び工学的考察 日本機械学会東北支部第56期総会・講演会 (オンライン)，2021年3月12日
21. 鈴木 恭平, 石本 志高. フジツボのキプリス幼生における集団的挙動と周囲流れ 日本機械学会東北支部第56期総会・講演会 (オンライン)，2021年3月12日
22. 髙橋勇毅, 石本志高. クロマチン動態を再現する新規ブラウン動力学法の開発 日本機械学会東北支部第56期総会・講演会 (オンライン)，2021年3月12日

講演論文集

1. *駒形 日向子, 石本 志高. トンボの翅構造と周囲流れに関する生物学的考察及び工学的考察 東北支部総会・講演会　講演論文集2021年 2021.56 巻 131_paper ，公開日: 2021/09/28
2. *髙橋 勇毅, 石本 志高. クロマチン動態を再現する新規ブラウン動力学法の開発 東北支部総会・講演会　講演論文集2021年 2021.56 巻 130_paper ，公開日: 2021/09/28
3. *鈴木 恭平, 石本 志高. フジツボのキプリス幼生における集団的挙動と周囲流れ 東北支部総会・講演会　講演論文集2021年 2021.56 巻 129_paper ，公開日: 2021/09/28

紀要

1. Yukitaka Ishimoto, Aki Oooka,"Theoretical Analysis of Orientation Order Profile in Nanocellulose Mono-fiber Creation Using Flow Focusing",Proceedings of the eighteenth international conference on flow dynamics 2020(ICFD2020) Sendai, Japan 28-30 Oct, 2021
2. Y. Ishimoto, A. Oooka, H. Takana,"Simulation Study on Orientation Order Profile in Nanocellulose Mono-fiber Creation Using Flow Focusing", Proceedings of the nineteenth international conference on flow dynamics 2021 (ICFD2021), Sendai, Japan (2021年10月27-29日)

外部資金獲得

1. JST CREST研究（令和3年度~令和8年度）生命情報の低次元化を起点とする多階層モデル駆動型研究戦略の創出，主たる共同研究者

2020年

掲載論文

1. Y. Ishimoto, T. Watanabe (CA) Towards Particle Tracking Velocimetry of Cell Flow in Developing Tissue Using Deep Neural Network. Lect. Notes Comput. Vis. Biomech. 36 (2020) 495-504.
2. T. Toyoshima, Y. Ishimoto (CA) Dynamical Rheological Properties of In-Silico Epithelial Tissue by Vertex Models. Lect. Notes Comput. Vis. Biomech. 36 (2020) 632-638.

国際会議発表

1. Y. Ishimoto, A. Oooka, Theoretical Analysis of Orientation Order Profile in Nanocellulose Mono-fiber Creation Using Flow Focusing, Proceedings of the eighteenth international conference on flow dynamics 2020 (ICFD2020), Sendai, Japan, 28-30 Oct, 2020.

国内会議発表

1. 石本 志高. 植物根部循環系成長モデル 日本物理学会 2020年秋季大会（オンライン)，2020年9月8-11日．
2. 石本志高，柏正幸，渡部茂暁. 生体組織内細胞流れの深層ニューラルネットワークを用いた可視化の試み 生体医工学シンポジウム，弘前大学（オンライン)，2020年9月18-19日．
3. 柏正幸，豊嶋拓哉，石本志高. 細胞頂点・形状トラッキングによる細胞流れ可視化の試み 生体医工学シンポジウム 弘前大学（オンライン)，2020年9月18-19日．
4. 石本志高，柏正幸. 変形移動する上皮細胞集団流れの可視化に向けて 数理生物学会2020 名古屋大学（オンライン)，2020年9月20-22日
5. 柏正幸，豊嶋拓哉，石本志高. Bubbly Cell Tracking Velocimetry－細胞頂点・形状トラッキングの試み 機械学会東北支部会第55期支部総会・講演会，仙台市，2020年3月13日． (acceptされ発表予定であったが講演会は中止となった)
6. 薄井拓巳，石本志高. 流れにおける液晶分子の配向の理論解析 機械学会東北支部会第55期支部総会・講演会，仙台市，2020年3月13日． (acceptされ発表予定であったが講演会は中止となった)

2019年

掲載論文

1. J. Gui, Y. Huang, M. Montanari, D. Toddie-Moore, K. Kikushima, S. Nix, Y. Ishimoto, and O. Shimmi. Coupling between dynamic 3D tissue architecture and BMP morphogen signaling during Drosophila wing morphogenesis, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Vol. 116 (2019) pp. 4352-4361.
2. Y. Fujii, Y. Ochi, M. Tuchiya, M. Kajita, Y. Fujita, Y. Ishimoto, T. Okajima. Spontaneous Spatial Correlation of Elastic Modulus in Jammed Epithelial Monolayers Observed by AFM, Biophysical Journal, Vol. 116 (2019) pp. 1152-1158.

国際会議発表

1. Y. Ishimoto and T. Toyoshima. (poster) Dynamical rheological properties of in-silico epithelial tissue by vertex models, International Soft Matter Conference 2019, Edinburgh, UK, 3-7 June 2019.
2. K. Kikuchi, Y. Ishimoto, K. Okano, S. Nix. (poster) The Swimming modes of barnacle cypris larvae, International Soft Matter Conference 2019, Edinburgh, UK, 3-7 June 2019.
3. Y. Ishimoto, T. Watanabe. (poster) Towards particle tracking velocimetry of cell flow in developing tissue using deep neural network, 16th International Symposium on Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering and 4th Conference on Imaging and Visualization, New York, USA, 14-16 Aug，2019.
4. T. Toyoshima, Y. Ishimoto. (poster) Dynamical rheological properties of in-silico epithelial tissue by vertex models, 16th International Symposium on Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering and 4th Conference on Imaging and Visualization, New York, USA, 14-16 Aug，2019.
5. Yukitaka Ishimoto. (invited talk) A growth model of a plant root system for bridging the transport function of the root and the root environment, RIMS workshop "Mathematical Methods in biofluid mechanics", Awaji Island, Japan, 28-30 Oct，2019．
6. Y. Ishimoto, T. Watanabe. (oral) Towards Particle Tracking Velocimetry of Cell Flow Using Deep Learning, The 10th Asian-Pacific Conference on Biomechanics (AP Biomech 2019), Taipei, Taiwan, 1-3 Nov，2019.

国内会議発表

1. 菊地 桂生，石本 志高． Characteristics of the collective motion of barnacle larvae アクティブマター研究会2019，東京都，2019年1月11～12日．
2. 石本志高，大森瑠奈.（招待講演）生物学的によく保存されたトンボの翅の構造と流体工学的機能 第47回可視化情報シンポジウム, 京都大学, 2019年7月25-27日.
3. 石本志高. 生物・生命の移動現象：実験とシミュレーションと機械と私 研究会「理論と実験」2019，広島大，東広島市，2019年10月10-11日.
4. 菊地桂生，石本志高, 岡野桂樹，Stephanie Nix. Collective behavior of Barnacle Larvae 研究会「理論と実験」2019，広島大，東広島市，2019年10月10-11日．
5. 笠原啓裕，石本志高，Stephanie Nix. 赤血球破壊を表現する計算モデルの開発 研究会「理論と実験」2019，広島大，東広島市，2019年10月10-11日.
6. 豊嶋拓哉，石本志高. Dynamical rheological properties of in-silico epithelial tissue by vertex models 研究会「理論と実験」2019，広島大，東広島市，2019年10月10-11日.
7. 菊地桂生，石本志高，岡野桂樹，Stephanie Nix. フジツボ幼生における移動現象および集団挙動に関する研究 ソフトバイオ研究会2019，秋田市，2019年11月27-28日.
8. 笠原啓裕，石本志高，Stephanie Nix. 赤血球破壊を表現する計算モデルの開発 ソフトバイオ研究会2019，秋田市，2019年11月27-28日.
9. 豊嶋拓哉，石本志高. 生体組織内多細胞構造のレオロジーおよび移動現象に関するシミュレーション研究 ソフトバイオ研究会2019，秋田市，2019年11月27-28日．
10. 柏正幸，豊嶋拓哉，石本志高. Bubbly Cell Tracking Velocimetryに向けて ソフトバイオ研究会2019，秋田市，2019年11月27-28日.
11. 薄井拓巳，石本志高. 流れにおける液晶分子の配向の理論解析に向けて ソフトバイオ研究会2019，秋田市，2019年11月27-28日．
12. 福井千晶，石本志高. トンボの翅脈構造と渦の関係 ソフトバイオ研究会2019，秋田市，2019年11月27-28日．

2018年

国際会議発表

1. Y. Ishimoto and T. Toyoshima. In-silico rheological experiments of an epithelial sheet by the cell vertex model and the bubbly vertex model, Proceedings of 12th European Fluid Mechanics Conference (EFMC12), Vienna, Austria, 9月9日- 9月13日, 2018.
2. H. Miura, T. Taniguchi and Y. Ishimoto. 2D and 3D lattice liquid model on triangular/square lattices for the fluidity of a lipid membrane, Proceedings of 12th European Fluid Mechanics Conference (EFMC12), Vienna, Austria, 9月9日- 9月13日, 2018.
3. L. Omori, S. Nix and Y. Ishimoto. Biologically well-conserved structure and a fluid dynamical function of dragonfly wings, Proceedings of 12th European Fluid Mechanics Conference (EFMC12), Vienna, Austria, 9月9日- 9月13日, 2018.
4. Seiichi Sudo, Masato Nakanishi, Yukitaka Ishimoto. Breaking of Harmonic Response in Interface Oscillation of Magnetic Fluid subject to Alternating Magnetic Field, The Asia-Pacific Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics (APSAEM 2018), Yogyakarta, Indonesia, 7月24日-27日, 2018.
5. K. Kasahara, S. Nix, and Y. Ishimoto (full paper accepted). Development of a computational mechanics model to reproduce red blood cell rupture, 29th International Symposium on Transport Phenomena (2018), Honolulu, Hawaii, USA, 10月30日-11月2日, 2018.
6. S. Nix and Y. Ishimoto (full paper accepted). Mass transport of Brownian particles near a blood cell in shear flow, 29th International Symposium on Transport Phenomena (2018), Honolulu, Hawaii, USA, 10月30日-11月2日, 2018.

国内会議発表

1. 菊地 桂生，石本 志高． 複数円柱状物体の流体力学的相互作用および流体励起振動に関する研究 日本流体力学会 年会2018，豊中市，2018年9月3-6日．
2. 豊嶋 拓哉，石本 志高． 力学的平衡状態にある上皮組織の動的レオロジー特性 第31回バイオエンジニアリング講演会，郡山市，2018年12月14～15日．
3. 笠原 啓裕，ニックス ステファニー，石本 志高． 溶血を表現する赤血球モデルの開発 第31回バイオエンジニアリング講演会，郡山市，2018年12月14～15日．
4. ニックス ステファニー，藤原 航，石本 志高． せん断流れ中の赤血球付近における分子の数値 計算 日本機械学会 2018年度年次大会，吹田市，2018年9月9〜12日．
5. 石本 志高，杉村 薫． 昆虫の翅外形多様性に関する力学モデル 日本機械学会バイオエンジニアリング講演会講演論文集，2018.30 巻，2B04，2018年．
6. 大森 瑠奈，Nix Stephanie，石本 志高． トンボの翅における生物学的構造と流体工学的機能の関係性の研究 日本機械学会バイオエンジニアリング講演会講演論文集，2018.30 巻，1I08，2018年．
7. ニックス ステファニー，藤原 航，石本 志高． 複雑変形中の赤血球付近における物質輸送の数値解析 日本機械学会バイオエンジニアリング講演会講演論文集，2018.30 巻，1F06，2018年．
8. 薄井 恒平，石本 志高． 植物根部循環系成長モデルによる流体工学的機能の変化推定に関する研究 日本機械学会東北支部総会・講演会講演論文集，2018.53巻，pp. 155，2018年．
9. 笠原 啓裕，ニックス ステファニー，石本 志高． 赤血球破壊を再現する計算モデルの開発 日本機械学会東北支部総会・講演会講演論文集，2018.53巻，pp. 167，2018年．
10. 豊嶋 拓哉, 石本 志高． 上皮組織の粘弾性：シミュレーション実験によるレオロジー特性 日本機械学会東北支部総会・講演会講演論文集，2018.53巻，pp. 169，2018年．