分子生物学上の知見を統合して、
細胞でおきていることを「わかる」ために必要なことは、
定量的に計って、定量的に比べることです。
トランスクリプトームは、そうした試みの
最初の段階として 好適な材料です。
そのためのプラットフォームとなる理論を御紹介します。
ひとつの細胞中のすべてのmRNAのひとまとめのことです。
トランスクリプトーム研究の大きな目的は、
それらmRNAの量を通じて、
ゲノムにコードされた「量的な情報」を解読することにあります。
論文を書いたり、新しい実験を計画したりするときの
データ解析の考えかたと簡単なプロトコールを、
ちょっとしたサンプル(MS-Excel)とともに紹介します。
トランスクリプトの測定方法にはいくつかありますが、
いずれも「抽出したRNA」を資料にします。
必然的に、データは相対値になります。
相対値どうしをそのまま比較することはできません。
そこで、比較可能にする作業＝標準化 が必要になります。
ここではパラメトリックな標準化と比較について、
チュートリアルな説明を試みています。
マイクロアレイに関してはこちら、そしてＦＡＱはこちら。
データの標準化と比較の基になるモデルを解説します。
論文が公開されました・ここにはチュートリアルなページを作製予定。
とりあえず反響からＦＡＱを。
マイクロアレイのハイブリのムラを補正する
qPCRのデータを標準化する（論文の作成中・仕上がりは未定、ごめんなさい他に優先すべきものができた）
ちょっとしたExcelテンプレートやマクロを置いておきます。
重いかもしれないけど、素人作なので御容赦。
| Go Back | home | 秋田県立大 ホーム |
インフォマティクス研究の目次 |
