リアルタイムＰＣＲを併用する
まずサイトゾルの体積を。
連続切片をつくって、TEMで細胞構造の概要を調べ、細胞の体積と、
サイトゾルの割合を概算する。
既知量の複数種類のコントロールRNAと共にサンプルを抽出する。
これらコントロールRNAとともに、
知りたいmRNAの濃度をリアルタイムPCRで絶対定量する。
コントロールRNAから回収率を算出し、mRNAの値を補正する。
これを、出発材料に含まれていたサイトゾルの体積で割る。
以上はたいへんな作業だけど、毎回やる必要はない。
同じサンプルをマイクロアレイでも測定すれば、
その遺伝子に関しての感度が算出できる。
これを使って、以後はマイクロアレイのデータから推定できるようになる。
細胞壁の問題がある植物だと難しいけど、動物細胞なら、
以上のような方法でわかるのではないか。
植物では、なにかin situで検出する方法でも考案しない限り、難しいだろう。
どうしても「潰し残り」が出るから、回収率が正確に求めにくいからだ。
自分で試したことはまだありません。