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重いかも、凍ったようになるかもしれませんが、長い目で
見てやってください。メモリをしこたま積むといいみたいです。
512Mくらいは最低でもほしい。データの数をおろぬくと速くなりますが。

Rank vs. log-ratio plot

シグナルの変化が、シグナルの強度となにか関係を持たないかを
チェックするためのプロットです。

ひとつの点は一組のデータを表わします。X軸はシグナルの強度が、
Y軸にはデータの変化が、ログレシオでプロットされます。そこで
MA plotに似ていますが、ｘ軸にデータが等間隔にならぶ特長をもっています。
なので、データのもつ問題が視覚的に捉えやすいのです。
なぜかあんまり人々が使わないのだけど、私はこれを使いますし、お勧めします。
データの対数をとってMA plot にかけると真ん中が混んでしまうので
（正規分布するから）人間の目には問題が見えにくくなるのです。

ちなみにこの図はGeneChipをMASで処理したものです。黒はPresent callのデータだけ、
赤はAbsent callを一つでも含むもの、そのほかは青で表示されています。
同じデータをパラメトリックに処理したものが、下記プログラムの
見本にデータとして入っています。

このプロットが最初に紹介されたのはこの論文ではないかと思います；
Durbin, BP; Hardin, JS; Hawkins, DM; Rocke, DM
Title: A variance-stabilizing transformation for gene-expression microarray data
Bioinformatics 2002 Jul;18 Suppl 1:S105-10

あんまり遅かったので、そこだけ何とかしました（7 Jul 2005)。
取り扱い説明は"instruction"シートを参照されたし。マクロを
使うので、立ち上げの際にyesと答えてください。そのマクロそのものは
ふつうに開けば確認・編集できるようになってます（すごくシンプルです）。

アジレントの生データの出力のなかから、LOWESS等の計算がなされる前の
段階のものを引き抜いてきて使います。LOWESSをかけたあとは、当然、
まったいらですから。